В начале ноября 1940 года, после создания варшавского гетто, Корчаку с пани Стефой и воспитанниками пришлось покинуть Крохмальную улицу, находившуюся непосредственно за пределами гетто, и переехать в здание Государственной торговой мужской школы по адресу улица Хлодна 33. Годом позже, в конце октября 1941 года, в результате очередного изменения границ закрытого квартала «Дом сирот» снова переезжает — на сей раз в здание по адресу Сенна 16 (Слиска 9), то есть неподалеку от больницы Берсонов, где в молодости работал Корчак. В последний раз детям пришлось переезжать 5 августа 1942 года: в тот день они вместе со своими наставниками отправились на Умшлагплац.
Однако это лишь часть деятельности Корчака, связанной с приютами. 15 ноября 1919 года в Прушкове под Варшавой открылся основанный Мариной Фальской рабочий интернат «Наш дом», которым она руководила вместе с Корчаком, опираясь на его богатый опыт. В 1928 году «Наш дом» переезжает в варшавский район Беляны в новое здание, спроектированное специально под детский приют. Корчак в «Нашем доме» работал до 1935 года, когда их сотрудничество с Фальской существенно ослабло.
И все же «Домом сирот» и «Нашим домом» список всех приютов, с которыми был профессионально связан Корчак, не исчерпывается. Нельзя не упомянуть о последнем месте работы Корчака-воспитателя. 9 февраля 1942 года, то есть за несколько месяцев до смерти, Корчак подает прошение назначить его воспитателем в Главный приют по адресу Дзельна 39. На тот момент это был сущий ад на земле, о котором даже в гетто ходили мрачные легенды. Сюда свозили осиротевших детей со всего закрытого квартала, воспитателями работали подозрительные типы, каждый день в катастрофических условиях десятками умирали маленькие дети, а тем, кто еще оставался в живых, не оставалось никакой надежды. И даже здесь, в этом инфернальном «предпохоронном доме», Корчак верил, что что-то можно изменить, что-то можно еще сделать.
В 1940 году вместе с воспитанниками «Дома сирот» был перемещён в Варшавское гетто. В этот период Корчак был арестован, несколько месяцев провёл в тюрьме. Был освобождён по ходатайству провокатора А. Ганцвайха, который таким образом хотел заработать авторитет среди евреев.
В гетто Корчак отдавал все силы заботе о детях, героически добывая для них пищу и медикаменты. Он отклонил все предложения неевреев-почитателей его таланта вывести его из гетто и спрятать на «арийской» стороне. Соратник Корчака Игорь Неверли рассказывал:
"На Белянах сняли для него комнату, приготовили документы. Корчак мог выйти из гетто в любую минуту, хотя бы со мной, когда я пришёл к нему, имея пропуск на два лица — техника и слесаря водопроводно-канализационной сети. Корчак взглянул на меня так, что я съёжился. Видно было, что он не ждал от меня подобного предложения… Смысл ответа доктора был такой: не бросишь же своего ребёнка в несчастье, болезни, опасности. А тут двести детей. Как оставить их одних в газовой камере? И можно ли это всё пережить?"
Когда в августе 1942 года пришёл приказ о депортации Дома сирот, Корчак пошёл вместе со своей помощницей и другом Стефанией Вильчинской (1886—1942), другими воспитателями и примерно 200 детьми на станцию, откуда их в товарных вагонах отправили в Треблинку. Он отказался от предложенной в последнюю минуту свободы и предпочёл остаться с детьми, приняв с ними смерть в газовой камере.
Эммануэль Рингельблюм, сам позже расстрелянный, оставил такое свидетельство:
"Нам сообщили, что ведут школу медсестёр, аптеки, детский приют Корчака. Стояла ужасная жара. Детей из интернатов я посадил в самом конце площади, у стены. Я надеялся, что сегодня их удастся спасти… Вдруг пришёл приказ вывести интернат. Нет, этого зрелища я никогда не забуду! Это был не обычный марш к вагонам, это был организованный немой протест против бандитизма! Началось шествие, какого никогда ещё до сих пор не было. Выстроенные четвёрками дети. Во главе — Корчак с глазами, устремлёнными вперед, державший двух детей за руки. Даже вспомогательная полиция встала смирно и отдала честь. Когда немцы увидели Корчака, они спросили: «Кто этот человек?» Я не мог больше выдержать — слезы хлынули из моих глаз, и я закрыл лицо руками."